Biro Administrasi Pelaksanaan Otonomi Khusus Setda Papua Barat dibentuk berdasarkan Permendagri No. 9 Tahun 2017 tentang Kelembagaan Otsus di Provinsi Papua dan Provinsi Papua Barat dan kemudian Biro Administrasi Pelaksanaan Otonomi Khusus berada di bawah Sekretariat Daerah dan menjadi perangkat sekretariat daerah yang diatur lebih lanjut melalui Peraturan Daerah Provinsi Papua Barat Nomor: 12 Tahun 2012 tentang Organisasi dan Tata Kerja Sekretariat Daerah Provinsi Papua Barat dan selanjutnya ditetapkan dengan Peraturan Gubernur Papua Barat Nomor 04 Tahun 2009 tentang Uraian Tugas dan Fungsi Asisten, Biro, Bagian dan Sub Bagian di lingkungan Sekretariat Daerah Provinsi Papua Barat di bawah tanggung jawab Asisten Administrasi.
Biro Administrasi Pelaksanaan Otonomi Khusus Setda Papua Barat dipimpin oleh seorang Kepala Biro dan dalam menjalankan tugasnya dibantu oleh 3 (tiga) Kepala Bagian dengan 9 (Sembilan) Sub Bagian dengan susunan organisasi Biro Administrasi Pelaksanaan Otonomi Khusus Sekretariat Daerah Provinsi Papua Barat sebagai mana diatur dalam Peraturan Daerah Provinsi Papua Barat tersebut di atas. Biro Administrasi Pelaksanaan Otonomi Khusus Setda Papua Barat dipimpin oleh seorang Kepala Biro dan mempunyai tugas dan fungsi sebagai berikut :
Biro Administrasi Pelaksanaan Otonomi Khusus Setda Papua Barat dipimpin oleh seorang Kepala Biro dan mempunyai tugas pokok menyiapkan bahan perumusan kebijakan, mengkoordinasikan pelaksanaan tugas dan fungsi, melaksanakan pemantauan dan evaluasi, serta menyelenggarakan pembinaan teknis, administrasi dan sumber daya berkenan dengan pelaksanaan otonomi khusus. Untuk melaksanakan tugas sebagaimana tersebut di atas, maka Biro Administrasi Pelaksanaan Otonomi Khusus mempunyai fungsi sebagai berikut:
Diterapkannya Peraturan Pemerintah Nomor 03 Tahun 2016 tentang Pedoman Organisasi Perangkat Daerah yang memberikan kewenangan kepada pemerintah daerah baik Provinsi, Kabupaten dan Kota untuk menyusun dan menetapkan organisasi perangkat daerahnya sesuai kebutuhan. Dengan kewenangan tersebut, diperlukan dukungan kemampuan teknis dan wawasan yang luas dari pelaku dibidang kelembagaan pemerintah daerah.
Sesuai ketentuan tersebut, maka kelembagaan Pemerintah daerah khususnya Biro Administrasi Pelaksanaan Otonomi khusus Setda Papua Barat dalam hal ini sebagai organisasi perangkat Daerah memiliki struktur organisasi yang meliputi Biro, Bagian Pemberdayaan Bagi Orang Asli Papua, dengan membawahkan Sub Bagian Pemberdayaan Masyarakat Adat, Sub Bagian Pemberdayaan Kelompok Perempuan dan Sub Bagian Pemberdayaan Kelompok Agama dan Pemuda. Bagian Koordinasi Pembangunan Otonomi Khusus, membawahkan Sub Bagian Koordinasi Pembangunan Bidang Sosial Budaya, Sub Bagian Koordinasi Pembangunan Bidang Ekonomi dan Sub Bagian Koordinasi Pembangunan Bidang Infrastruktur Otsus. Bagian Data, Monitoring, Evaluasi dan Pelaporan Otonomi Khusus membawahkan Sub Bagian Data dan Monitoring Pelaksanaan Otonomi Khusus, Sub Bagian Evaluasi dan Pelaporan Pelaksanaan Otonomi Khusus dan Sub Bagian Tata Usaha Biro dan ditambah staf. Untuk lebih jelas tentang struktur organisasi Biro Administrasi Pelaksanaan Otonomi khusus Setda Papua Barat dapat dilihat pada Bagan 1 Struktur Organisasi berikut .